Шаблоны располагаются в папке themes
Обычно шаблон для JohnCMS имеет следующую структуру:
themes
template_name
assets
src
templates
В данной структуре обязательными являются только папки assets и templates, но в некоторых исключениях они вам могут не понадобиться.
С точки зрения структуры шаблоном является любая папка в папке /themes В этой папке есть тема по умолчанию - default В этой теме находятся все необходимые для работы файлы по умолчанию: шаблоны, стили, картинки, скрипты и т.д. Также, каждый отдельный модуль может иметь свою папку с шаблонами /module_name/templates, или другими файлами общего доступа /assets/modules/module_name.
Для частичной кастомизации стандартного шаблона, вы можете создать свою тему только с теми файлами, которые хотите изменить. При создании темы, просто сохраните такое же расположение нужного файла в папке с вашей кастомной темой. Более подробно про создание собственных тем, читайте на соответствующей странице.